口袋妖怪漆黑的魅影的最大亮点在于剧情、对战与美工3个方面。 剧情方面极具创意，在保留口袋妖怪的世界观的基础上，引入了平行世界的概念，包含游戏世界Genera，漫画世界Creatio和动画世界Abando，游戏流程达三个周目，新增了包括二周目新大陆——赛诺地区在内的大量全新的地图，极大提高了游戏的可玩性，包括全部历代冠军及反派首领在内的诸多人气角色以及一些原创角色都在剧情流程中登场。 对战方面新增了大量截止到第五世代的新特性和新技能，物理、特殊按照第四世代后的方法划分，拥有相对比较完善的对战体系，并强化了原本的游戏难度，也新增了很多丰富的挑战要素。 美工方面以后时代的官方版本为标准，美化了大量素材，相较于原版绿宝石有较大进步。 另外值得一提的是，该版本在技能动画方面的修改即使放到世界范围也是首屈一指的。