战役系统是《卡牌战国》的主线系统。玩家可以在征战系统中重温战国时代各大经典战役，与战国名人并肩作战。
战役系统由多个大关组成，每通过一大关，玩家等级就会提升一级。
每个大关由多个小关组成，自由全部小关都通关，才能通关这一大关。
每一小关拥有1-3个难度，每小关每一个难度首次通关都可以获得道具奖励。
普通模式：最低难度，只要通过普通模式，这一小关就视为已通关，可以挑战后面的小关。
英雄模式：敌人会获得强化，例如：增加兵力、获得攻击、防御、智力、速度强化等等
传奇模式：在英雄模式的基础上，增加玩家的限制。例如：某些兵种不能出场。
另外，在战役模式中，随着不断战斗，玩家的卡牌兵力是会不断成长的，直至达到上限为止。
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