《识质存在》共有5场BOSS战，分别是太阳能发电站的区域护卫BOSS、大规模制造阵列的造物者BOSS、地脉巨蛋的庭园看守BOSS、月矿场的月矿挖掘者BOSS，以及最终BOSS八号。每位BOSS均有独特的招式和弱点设计，需要结合静滞网定身、破解弱点、致命一击以及超载协议等技能才能高效击败。
区域1 BOSS：区域护卫
区域护卫是太阳能发电站区域的BOSS。其主要招式为飞弹射击，当地面出现红色提示区域时，代表BOSS即将发射飞弹，需要迅速闪避。BOSS的核心弱点位于背后的罐子。打法建议先使用静滞网将BOSS定住，随后进行破解；破解时尽可能连接蓝色节点延长破解持续时间，同时连接黄色节点降低BOSS防御力。破解成功后绕到BOSS身后猛攻背部罐子弱点，推荐使用冲击波枪靠近射击以最大化伤害。当BOSS被击晕倒地时，观察血条下方的紫色条和身体周围的紫色圈，靠近即可触发致命一击处决。当戴安娜的侵入条蓄满后可释放大招超载协议，该技能能定住周围敌人并使其进入破解状态，建议提前在刷怪时蓄满再开战。击败后可获得一级防护站权限卡，事后重返该地点还会解锁一个逃生站点。
区域2 BOSS：造物者
造物者是大规模制造阵列区域的BOSS。该BOSS为区域的最终守门人，建议携带冲击波枪和充能穿击者以应对其多变的攻击模式，利用静滞网控场后优先攻击其暴露的弱点部位，在破解状态下配合充能穿击者打出最大爆发伤害。
区域3 BOSS：庭园看守
庭园看守是地脉巨蛋区域的BOSS，战场位于培育区。在面对该BOSS时，建议先利用静滞网控制其行动，然后尝试发动破解，侵入成功后集中火力攻击其弱点。当BOSS血量下降至一定程度后注意观察行为模式变化，并及时调整战术。利用冲击壁垒应对高伤害阶段，确保安全输出。
区域4 BOSS：月矿挖掘者
月矿挖掘者是月矿场的核心BOSS，奖杯铤而走险的解锁与该BOSS相关联。在月矿场内击退月矿挖掘者期间保持持续施压是完成对应奖杯任务的要点。建议充分利用光子镭射枪的持续输出特性，在BOSS进入破解状态后持续按住激光不松手，以最大化该阶段的伤害输出。
最终BOSS：八号
八号是游戏的最终BOSS，也是挑战难度最高的BOSS战。狂月难度下的最终BOSS血量极高，需要耐心应对。战前准备：建议先通过存档确保删除协议条处于满格状态。推荐模块配置为攻击模块选择奇袭、武器优势、散兵、最佳表现、近距离，侵入模块选择递归学习。武器方面优先升级凿岩镐、光子镭射枪和充能穿击者。战斗开始立即使用删除协议使BOSS硬直，绕到BOSS背后，用光子镭射枪打光全部弹药（中途绝对不能松开R2以避免伤害下降）。弹药耗尽后在BOSS恢复前用凿岩镐补伤害。进入中期专注闪避和侵入BOSS，积攒第二次删除协议条件，利用场地中拾取的充能穿击者在破解状态下趁机蓄力射击。当BOSS血量降至约40%至45%时，删除协议再次就绪，重复开局的操作直至结束。
游戏五场BOSS战设计各有侧重，但核心应对思路一致：利用静滞网控场创造输出窗口，破解状态下优先攻击暴露弱点，配合致命一击触发强力处决伤害，并在关键时机释放超载协议或删除协议大招来扭转战况。合理规划战前武器装备和模块配置，并保证充足的弹药补给，是顺利击败所有BOSS的基础保障。
